技術(shù)簡(jiǎn)介
16S rDNA是細菌分類(lèi)學(xué)研究中最常用的“分子鐘”，其序列包含9個(gè)可變區（Variable region）和10個(gè)保守區（constant region）?？勺儏^因細菌而異，且變異程度與細菌的系統發(fā)育密切相關(guān)。通過(guò)檢測16S rDNA的序列變異和豐度，可以了解環(huán)境樣品中群落多樣性信息?；?6S rDNA的分析在微生物分類(lèi)鑒定、微生態(tài)研究等方面起到重要作用。
擴增子測序就是通過(guò)對基因組目的區域進(jìn)行PCR擴增，將目標區域DNA擴增富集后進(jìn)行高通量測序的研究策略。目前擴增子測序服務(wù)主要包括細菌16SrDNA區/真菌ITS1區/真菌ITS2區/真菌18SrDNA區測序以及后續的數據分析工作，可有效研究特定環(huán)境中的物種信息，包括：物種差異、物種分類(lèi)、物種豐度，對復雜環(huán)境中的微生物構成研究有重要的指導作用。
16S rDNA測序 : 16SrRNA為核糖體的RNA的一個(gè)亞基，16SrDNA就是編碼該亞基的基因，存在于所有細菌基因組。16S rDNA大小適中，約1.5Kb左右，同時(shí)具有高度的保守性和特異性。16S rDNA既能體現不同菌屬之間的差異，又能利用測序技術(shù)較容易地得到其序列，目前已被廣泛用于病原菌的檢測和鑒定。
18S rDNA測序 : 18S rDNA為編碼真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列。在結構上分為保守區和高變區，保守區反映生物物種間的親緣關(guān)系，高變區反映物種間的差異。
ITS 測序: 在真核生物中，18S rDNA和28S rDNA轉錄間隔序列稱(chēng)為ITS區。ITS分為兩個(gè)區域：ITS1/ITS2，ITS1位于18S和5.8S之間，ITS2位于5.8S和28S之間。ITS由于是非轉錄區，承受的選擇壓力較小，變異強，目前已廣泛用于真菌分類(lèi)鑒定。
功能基因測序: 功能微生物是在自然界中由于其功能的重要性而受到廣泛關(guān)注的一類(lèi)微生物，如硝化細菌、反硝化菌、氨氧化細菌、硫酸鹽還原菌、固氮菌、固氮菌等。每種功能微生物在分類(lèi)學(xué)上可能有很大不同，但卻具有相類(lèi)似的基因使其能夠發(fā)揮同樣的功能，因此使這些功能細菌發(fā)揮這種特定功能的基因就稱(chēng)為功能基因，如nxrA、nirS/nirK、amoA、dsrB、nifH、nifH。功能基因測序就是針對這些功能基因設計PCR通用引物，進(jìn)行建庫高通量測序。
應用領(lǐng)域
- 物種進(jìn)化
- 進(jìn)化分析
- 物種豐度
- 基因發(fā)現
- 環(huán)境與生態(tài)研究
- 疾病和個(gè)體化醫療
送樣要求
1. 樣品形式可以是新鮮菌液、斜面培養基、平面培養基。
2. 鑒定結果一般可以鑒定到種。個(gè)別菌種由于微生物數據庫相關(guān)數據缺乏，只能鑒定到屬。如遇這種情況，正常收費。
3. 請您提供至少純化三次以上的菌株，由于菌種不純會(huì )導致測序出現套峰，因此鑒定結果會(huì )有所誤差。如遇這種情況，正常收費。
交付結果
微生物物種鑒定報告單(PCR電泳圖，物種鑒定對比結果)、測序圖譜。
